Primero debes eligir si trabajar en la con una Interfase basada en la web o una Interfase de Escritorio.
Para trabajar con una Interfase desde la web deberás instalarte un servidor local (por ejemplo wamp server)
Para trabajar con una Interfase de Escritorio deberás instalar Workbench
En este tutorial trabajare con wamp server
Concepto y Caracteristicas
Gestores de datos en MySQL
Crear y Eliminar Base de Datos (phpMyAdmin y Consola)
Tablas en una Base de Datos
Insertar, Modificar y Eliminar Datos
Forma de conectarse desde PHP a una Base de datos:
Conectar base de datos con php
Crear relaciones entre bases de datos (Pestaña diseñador)